В 1992-м ставропольское «Динамо» попало в число 20 клубов Высшей лиги, которые приняли участие в первом чемпионате России по футболу. Три года спустя лига планомерно сократилась до 16 команд, а «Динамо» покинуло элитный дивизион, заняв предпоследнюю строчку.
Следующие пять лет ставропольчане провели в Первой лиге (лучший результат за этот временной отрезок – 5-е место в 1996-м), но на стыке веков свалились в южную зону Второго дивизиона.
В марте 2004 года губернатор Ставропольского края поставил перед командой задачу выйти в Первую лигу. Главным тренером «сине-бело-золотых» был назначен 35-летний Сергей Юран, а состав усилили качественные игроки, одним из которых был нынешний тренер ростовского СКА Андрей Козлов.
«Динамо» лихо прошлось по чемпионату (отрыв от второго места – 12 оков) и прихватило Кубок ПФЛ, который тогда приводился среди победителей зон второго дивизиона. Однако, на этапе лицензирования выяснилось, что у ставропольчан огромные финансовые проблемы: долги почти на 16 миллионов рублей. В итоге клуб лишился профессионального статуса и отправился в Третий дивизион.
В 2006-м «Динамо» вернуло себе профессиональный статус. Но через три года клуб снова был исключен из ПФЛ, а на его месте образовались две команды: «Ставрополь» (выиграла серебряные медали и была расформирована по итогам сезона) и «Ставрополье-2009» (стала 13-й и в новом сезоне трансформировалась в «Динамо»).
Третьего снятия «Динамо» с чемпионата не пришлось долго ждать – по итогам затяжного сезона 2010/2011 клуб снова исчез из профессионального футбола. Два года Ставропольский край представлял «Кавказтрансгаз-2005» из поселка Рыздвяный (35 километров от Ставрополя), а когда закрылся и он, на его фундаменте появился новый клуб – «Динамо-ГТС» (ГТС – Газпром трансгаз Ставрополь). В 2015-м клуб вернул себе более привычное название «Динамо Ставрополь», под которым выступает и сейчас.
Прошлый сезон ПФЛ «Динамо» провело буднично, заняв седьмое место. Зато пошумело в Кубке: в квалификации обыграли «Спартак-Нальчик» (4:1) и вырвали волевую победу у «Кубань-Холдинга» (4:3). В групповом раунде «сине-бело-золотым» достались «Ротор» и «Крылья». Матч с волгоградцами не состоялся из-за вспышки ковида у футболистов представителя РПЛ, а лидер ФНЛ полурезервным составом обыграл «Динамо», и продолжил движение к финалу.
В четырех официальных матчах текущего сезона «Динамо» одержало три победы и завершило одну встречу вничью. В Кубке России были обыграны чемпион СКФО и ЮФО «СтавропольАгроСоюз» (4:2) и серебряный призер прошлого сезона ПФЛ «Кубань-Холдинг» (1:0). А в чемпионате ставропольчане стартовали домашней ничьей с «Машуком» (1:1) и победой в Нальчике над «Спартаком» (1:0).