В 1992-м ставропольское «Динамо» попало в число двадцати клубов Высшей лиги, которые сыграли в первом чемпионате России по футболу. Три года спустя лига планомерно сократилась до шестнадцати команд, а «Динамо» покинуло элитный дивизион, заняв предпоследнюю строчку.

Следующие пять лет ставропольчане провели в Первой лиге (лучший результат за этот временной отрезок – 5-е место в 1996-м), но на стыке веков свалились в южную зону Второго дивизиона.

В марте 2004 года губернатор Ставропольского края поставил перед командой задачу выйти в Первую лигу. Главным тренером «сине-бело-золотых» назначили 35-летнего Сергея Юрана, а состав усилили качественные игроки, одним из которых был экс-тренер ростовского СКА Андрей Козлов.

«Динамо» лихо прошлось по чемпионату (отрыв от второго места – 12 оков) и прихватило Кубок ПФЛ, который приводился среди победителей зон Второго дивизиона. На этапе лицензирования выяснилось, что у ставропольчан огромные финансовые проблемы: долги почти 16 миллионов рублей. В итоге клуб лишился профессионального статуса и отправился в первенство любителей.

В 2006-м «Динамо» вернуло себе профессиональный статус. Но через три года клуб снова был исключен из ПФЛ, а на его месте образовались две команды. «Ставрополь» выиграла серебряные медали и была расформирована по итогам сезона. «Ставрополье-2009» стал 13-м и в новом сезоне трансформировался в «Динамо».

Третья реорганизация «Динамо» случилась скоро. После переходного сезона 2011/2012 клуб снова исчез из профессионального футбола. Два года Ставропольский край представлял «Кавказтрансгаз-2005» из поселка Рыздвяный, находящийся в 35 километрах от Ставрополя. Когда закрылся и он, появился новый клуб – «Динамо-ГТС» (ГТС – Газпром трансгаз Ставрополь).

В 2015-м клуб вернул себе более привычное название, под которым выступал последние семь сезонов болтался в середине таблицы, а лучши результатом стало шестое место в сезоне 2019/2020.

В середине прошлого десятилетия в «Динамо» 3,5 года провел Фархад Гыстаров. «Хочу поблагодарить руководителей и тренеров, которые давали мне, молодому футболисту, играть. Валерий Петрович [Заздравных] и Паата Ирадионович [Беришвили] меня постоянно поддерживали даже после моего ухода из клуба. Уверен, что Ставрополь заслуживает иметь клуб уровня ФНЛ», – рассказывал капитан «Чайки» в ноябре 2021-го.

В прошлом сезоне «Динамо» неплохо стартовало в чемпионате и второй год подряд пробилось в групповой этап Кубка, где дважды проиграло: 1:3 рвавшемуся в РПЛ «Оренбургу» и 0:6 столичному «Динамо». В середине первой части ФНЛ-2 ставропольчане выиграли лишь дважды в девяти играх, а потом приехали в гости к «Чайке» с пятью матчами без поражений и всего 1 пропущенным мячом.

«Чайка», окрыленная победой в дерби над СКА, отгрузила «Динамо» 7 голов. «Даже не знаю, какие слова подобрать. Посмотрим, сами мы будем работать или нет, не могу сказать. Потому что после таких матчей возникают вопросы к тренерскому штабу», – грустил после матча главный тренер «Динамо» Паата Беришивили.

Зимой главным тренером «Динамо» стал Алексей Мулдаров. В сезоне 2011/2012 он был капитаном «Мордовии», которая под руководством нынешнего спортивного директора «Ротора» Федора Щербаченко набрала 100 очков и вышла в РПЛ. Через полгода защитник перебрался в «Актобе», сразу выиграл чемпионат Казахстана и провел еще 4,5 года. Летом 2018-го Мулдаров вернулся в Россию и через полгода завершил карьеру в любительском клубе «Кубанская корона».

С новым наставником дела команды едва стали лучше: в 15 турах «Динамо» одержало всего две победы и закончило сезон на 13-м месте.

Летом «Динамо» обновило состав, собрав игроков из команд южной группы, четырех молодых воспитанников «Ростова» (вратарь Александр Дьячков, защитники Сергей Кочканян, Богдан Рогочий, хавбек Артем Исик) и форварда Руслана Суанова, проведшего позапрошлый сезон в ФНЛ в составе «Алании». Однако в субботнем матче воспитанник «Зенита» не примет участие: нападающий получил красную в прошлом туре.